研究ワークフロー

ツールの名前を紹介するだけではありません。ここでは、実際の研究場面から出発して、複数のツールをどう組み合わせて使うかを一連の操作の流れとして紹介します。

リモートセンシング処理中級

リモートセンシングによる樹高推定のフロー

LiDAR 点群データや複数ソースのリモートセンシング画像を使い、QGIS と Python を組み合わせて森林の樹高を推定する一連のフロー。

QGISPython(研究用スタック)
2〜4 時間 5 ステップワークフローを見る
作物モデル上級

APSIM トウモロコシ生育シミュレーションのフロー

地点データの準備から APSIM NG のトウモロコシモデルの実行まで行い、気候や管理措置が収量に与える影響を分析します。

APSIM Simulation ToolkitR / RStudio
4〜8 時間 6 ステップワークフローを見る
論文用の図初級

論文用の図表作成のフロー

元データから投稿品質の図までの標準化されたフローで、R/Python による作図と Inkscape での後処理をカバーします。

R / RStudioInkscape
1〜3 時間 5 ステップワークフローを見る
文献管理初級

文献管理と論文執筆のフロー

文献の収集、PDF の管理、読書ノートから、論文の下書き執筆、参考文献の挿入までの一連のフロー。

ZoteroLibreOffice
1〜2 時間 5 ステップワークフローを見る
GIS 地図作成初級

GIS による論文用地図作成のフロー

空間データの整理、投影法の統一から、主題図の作成、論文用のレイアウト出力までの GIS 地図作成のフロー。

QGISInkscape
1〜3 時間 5 ステップワークフローを見る
リモートセンシング処理中級

リモートセンシング画像の分類フロー

Sentinel、Landsat、ドローン画像を対象とした、前処理、サンプル作成、分類、精度評価のフロー。

QGISGoogle Earth EnginePython(研究用スタック)
3〜6 時間 6 ステップワークフローを見る
統計解析初級

データクリーニングと統計解析のフロー

元の表から、論文の結果に使えるクリーニング、記述統計、有意性検定、図表の出力までのフロー。

OpenRefineJamovi
1〜3 時間 6 ステップワークフローを見る
PDF 処理初級

スキャン PDF の OCR と文献整理のフロー

スキャンした PDF、古い文献、アーカイブ資料を、検索・コピー・管理ができる文献ファイルに変換します。

OCRmyPDFZotero
30 分〜2 時間 5 ステップワークフローを見る
画像解析中級

研究用画像の解析フロー

顕微鏡画像、病害画像、粒子画像、組織切片を対象とした、セグメンテーション、計数、計測、統計のフロー。

ImageJ / FijiPython(研究用スタック)
2〜5 時間 5 ステップワークフローを見る
リモートセンシング処理中級

ドローン画像による地図作成のフロー

ドローン写真から、オルソ画像、点群、DEM/DSM、基本的な地形・植生解析までのワークフロー。

OpenDroneMapQGIS
3〜8 時間 5 ステップワークフローを見る
データ可視化中級

ネットワーク関係・ナレッジグラフの可視化フロー

キーワードの共起、文献の引用ネットワーク、種の相互作用ネットワーク、複雑な関係データのクリーニング、分析、可視化のためのフロー。

GephiCytoscape
2〜4 時間 5 ステップワークフローを見る
ワークフロー自動化中級

小規模チーム向け日報システムの構築フロー

無料の LibreOffice Base と MySQL を使い、10〜20 人程度の小規模チーム向けに、簡単な日報の入力・検索システムを構築します。小さな会社、研究グループ、ラボ、プロジェクトチームが、紙の日報やばらばらの Excel ファイルを低コストで置き換えるのに向いています。

LibreOffice
半日〜1 日 5 ステップワークフローを見る
ウェブ・ドキュメント初級

個人の研究サイト構築のフロー

無料またはオープンソースのツールで個人の研究ホームページを構築し、自己紹介、研究テーマ、論文の成果、プロジェクトの説明、ツールのダウンロードを掲載します。研究者、博士課程の学生、研究グループのメンバー、フリーランスの研究支援者が、長期的に維持できる個人の発信の場を作るのに向いています。

HugoGitHub Desktop
2〜6 時間 5 ステップワークフローを見る
文献管理初級

Zotero 文献ライブラリの整理と OCR のフロー

スキャンした PDF、ダウンロードした文献、古い資料を Zotero の文献ライブラリに整理し、OCR とタグ体系によって検索、閲読、執筆の効率を高めます。

ZoteroOCRmyPDF
1〜3 時間 5 ステップワークフローを見る
論文執筆初級

論文投稿前のチェックフロー

正式な投稿の前に、論文の本文、参考文献、図表、補足資料、PDF ファイルを体系的にチェックし、形式の誤りや手戻りを減らします。

ZoteroLibreOfficeInkscape
1〜2 時間 5 ステップワークフローを見る
統計解析初級

実験データの整理と統計解析のフロー

一般の研究ユーザー向けに、Excel や LibreOffice の表から、データのクリーニング、統計解析、結果の書き出し、論文用の図表の整理までを行います。

LibreOfficeJamovi
1〜3 時間 5 ステップワークフローを見る
PDF 処理初級

研究用 PDF の一括整理フロー

論文、報告書、スキャン資料、プロジェクトファイルを一括で整理し、PDF の結合、分割、圧縮、命名、OCR、アーカイブを行います。

PDF24 CreatorStirling PDF
30 分〜2 時間 5 ステップワークフローを見る
機械学習中級

研究のための機械学習モデリングのフロー

表データや実験データから、特徴量の整理、モデルの学習、パラメータ調整、検証、結果の解釈までを行う、研究の予測モデリングに向いたフロー。

Python(研究用スタック)scikit-learn
3〜8 時間 5 ステップワークフローを見る
画像アノテーション中級

画像認識データセットの作成フロー

病害の識別、顕微鏡画像の識別、物体検出、画像分類のタスク向けに、画像の整理、アノテーション、品質チェック、学習セットの分割を行います。

CVATFiftyOne
半日〜数日 5 ステップワークフローを見る
バイオインフォマティクス中級

シーケンスデータの品質管理と結果集約のフロー

FASTQ のシーケンスデータを対象に、元データの整理、品質チェック、フィルタリング、アライメント前の準備、MultiQC レポートの集約を行います。

FastQCMultiQC
2〜6 時間 5 ステップワークフローを見る
微生物叢上級

マイクロバイオーム 16S データ解析のフロー

16S アンプリコンシーケンスのデータとサンプル情報表から、品質管理、特徴量テーブルの作成、多様性分析、差異分析、可視化を行います。

QIIME 2R / RStudio
1〜2 日 5 ステップワークフローを見る
論文執筆初級

インタビューのテキストコーディングと質的分析のフロー

インタビュー記録、自由記述式アンケート、フィールドノート、テキスト資料の整理、匿名化、コーディング、テーマ分析、結果のまとめのためのフロー。

TaguetteVoyant Tools
半日〜数日 5 ステップワークフローを見る
オープンサイエンス初級

研究データのオープン公開フロー

論文に関連するデータ、コード、説明ファイル、補足資料を整理してオープンサイエンスのプラットフォームに公開し、引用可能なリンクや DOI を取得します。

ZenodoGitHub Desktop
1〜3 時間 5 ステップワークフローを見る
プロジェクト協働初級

小規模研究グループの資料共有とプロジェクト管理のフロー

無料またはオープンソースのツールで、小規模な研究グループのファイル共有、タスクの割り振り、進捗の記録、会議資料、成果のアーカイブのフローを構築します。

NextcloudOpenProject
2〜5 時間 5 ステップワークフローを見る

共有したいワークフローはありますか?

研究の中で見つけたツールの使い方の流れを、GitHub からぜひお寄せください。

GitHub で貢献する