16S アンプリコンシーケンスのデータとサンプル情報表から、品質管理、特徴量テーブルの作成、多様性分析、差異分析、可視化を行います。
FASTQ ファイル、サンプルのグループ情報、実験デザイン表を整理します。
metadata のサンプル番号は、シーケンスファイルと厳密に一致させる必要があります。
配列の品質管理、ノイズ除去、キメラの除去、特徴配列の生成を行います。
トリミング長は品質プロットをもとに決めましょう。
ASV/OTU の特徴量テーブルを作成し、分類群のアノテーションを行います。
分類群のアノテーションに使ったデータベースとバージョンは、論文の方法の節に記載する必要があります。
α 多様性、β 多様性、群集構造の差を計算します。
統計的検定はグループのデザインに合わせてください。
差次的存在量の解析を行い、組成図、ヒートマップ、PCoA、箱ひげ図を作成します。
差異の結果は生物学的な意味と合わせて解釈しましょう。
