顕微鏡画像、病害画像、粒子画像、組織切片を対象とした、セグメンテーション、計数、計測、統計のフロー。
画像の命名、形式、解像度、実験グループを統一し、元画像のバックアップを残します。
元画像は上書きせず、処理結果はすべて新しいフォルダに別名で保存してください。
切り抜き、スケールの校正、背景の除去、チャンネルの分離、明るさ・コントラストの確認を行います。
グループごとの画像には、同じ前処理パラメータを使ってください。
画像の種類に応じて、しきい値によるセグメンテーション、機械学習によるセグメンテーション、オブジェクト検出の手法を選びます。
セグメンテーション結果は人が抜き取りで確認する必要があり、自動出力をそのまま信じてはいけません。
面積、個数、長さ、グレー値、蛍光強度、病斑の割合などの指標を書き出します。
統計解析しやすいよう、書き出す表には画像 ID と実験グループを残してください。
画像の指標について統計的検定と可視化を行い、論文の結果図を作成します。
サンプルの独立性に注意しましょう。1 枚の画像内の複数のオブジェクトは、必ずしも独立した反復とは限りません。
