FASTQ のシーケンスデータを対象に、元データの整理、品質チェック、フィルタリング、アライメント前の準備、MultiQC レポートの集約を行います。
サンプル番号ごとに、FASTQ ファイル、サンプル情報表、シーケンスのバッチ情報を整理します。
サンプル名は metadata と必ず一致させてください。
塩基の品質、アダプターの混入、GC 含量、重複配列、リード長の分布を確認します。
合格かどうかだけを見るのではなく、それぞれの警告の意味を理解しましょう。
アダプター、低品質のリード、短すぎる配列を除去し、クリーニング済みのデータを生成します。
フィルタリングのパラメータは方法の節に記録してください。
複数サンプルの FastQC とフィルタリングの結果を、統一されたレポートにまとめます。
MultiQC のレポートは、異常なサンプルをすばやく見つけるのに向いています。
研究の目的に応じて、アライメント、定量、変異検出、マイクロバイオーム解析に進みます。
品質管理の結果が不合格のときは、急いで下流の解析に進まないでください。
