データ可視化中級

ネットワーク関係・ナレッジグラフの可視化フロー

キーワードの共起、文献の引用ネットワーク、種の相互作用ネットワーク、複雑な関係データのクリーニング、分析、可視化のためのフロー。

所要時間の目安:2〜4 時間 5 ステップ

操作手順

1

ノード表とエッジ表の整理

OpenRefine

ノード表とエッジ表を用意し、名称の統一、重複の除去、同義語や欠損値の処理を行います。

ネットワーク分析で最もよくある問題は、同じ対象が複数の名前で書かれていることです。

2

ネットワークデータの取り込み

Gephi / Cytoscape

ノードとエッジを取り込み、ネットワークが連結しているか、孤立点や異常なエッジがないかを確認します。

まずデータを確認してからレイアウトを調整しましょう。そうしないと図が誤解を招きやすくなります。

3

ネットワーク指標の計算

Gephi / Cytoscape

次数中心性、媒介中心性、モジュール分割、クラスタリング係数などの指標を計算します。

指標は研究課題に役立つものを選び、ネットワーク用語を並べるだけにならないようにしましょう。

4

可視化のレイアウト

Gephi / Cytoscape

ノードのカテゴリ、重み、モジュールに応じて、色、サイズ、ラベル、レイアウトアルゴリズムを設定します。

ラベルはすべて表示せず、重要なノードだけを表示するとわかりやすくなります。

5

図の後処理

RAWGraphs / Inkscape

SVG/PDF で書き出した後、フォント、色、凡例、レイアウトを最適化します。

ネットワーク図は複雑になりすぎやすいので、論文では主要な構造と重要なノードを強調しましょう。

ワークフロー完了