SAMtools

SAMtools はオープンソースのシーケンスアラインメントファイル処理ツールで、SAM、BAM、CRAM ファイルの閲覧、変換、ソート、インデックス作成、統計、フィルタリングに使います。NGS データ解析フローの基礎的なツールの一つです。

適用場面：BAM ファイルの処理、シーケンスデータ、変異解析、ソートとインデックス、バイオインフォマティクスのフロー

注意：通常は BWA、Bowtie2、BCFtools、FastQC、MultiQC と組み合わせて使います。